هيچگاه ، دربارهء يك مسأله علمى از مبادى عقلى و شيوهء برهان نظرى بهره نگرفته‌اند ، و بدين جهت ، هم نظريهء كسانى را كه با اتكاء به روش حس و تجربه ، حقايق غير حسى را انكار كرده و مىكنند و هم نظريهء آنان را كه با روش برهان و تعقل محض در زمينهء مسائل تجربى و علمى اظهارنظر كرده‌اند مردود دانسته‌اند . و اين امر را مىتوان از گرانبهاترين انديشه‌هايى كه در قرن حاضر در زمينهء معرفت شناسى مطرح گرديده است بشمار آورد . از متفكرانى كه اين روش را به خوبى شناخته و به كار گرفته است ، فيلسوف شهيد مطهرى ره ، است كه روش استاد را كاملا رعايت كرده و در مباحث فلسفى خود خطاهايى را كه از عدم رعايت اين اصل دامنگير برخى فلاسفه و دانشمندان اسلامى و غير اسلامى گرديده است بازنموده‌اند . تفاوتهاى بدايه و نهايه گاهى سؤال مىشود كه چه تفاوتهايى ميان دو كتاب بداية الحكمه و نهاية الحكمه وجود دارد ؟ در پاسخ يادآور مىشويم كه : اين دو كتاب با فاصله زمانى پنج سال تأليف گرديده‌اند ، بدايه در سال 1390 ه ق و نهايه در سال 1395 ه ق و همانگونه كه از نام آنها معلوم است كتاب نخست براى مرحلهء ابتدايى فلسفه و كتاب دوّم براى مرحله پايانى آن ، تنظيم گرديده است . اين دو متن فلسفى ، هم از نظر تنظيم و آرايش مطالب و هم از نظر تحقيق و تحليل مسائل تفاوتهايى با يكديگر دارند كه به برخى اشاره مىكنيم : 1 - برخى از مراحل دوازدهگانه در اين دو ، به صورت مقدم و مؤخر تنظيم گرديده است : « وجود ذهنى » مرحله دوّم بدايه و مرحلهء سوّم نهايه است ، « وجود رابط و مستقل » مرحلهء سوم بدايه و مرحلهء دوّم نهايه است ، « علت و معلول » مرحلهء هفتم بدايه و مرحلهء هشتم نهايه مىباشد ، « واحد و كثير » مرحلهء هشتم بدايه و مرحله هفتم نهايه است ، « قوه و فعل » مرحلهء دهم بدايه و مرحلهء نهم نهايه است ، « سبق و لحوق »